Чем чревато использование JavaScript на главных страницах сайта?

По большому счету, нерационально использование JavaScript и flash технологий. Если есть возможность избежать их использование – делайте это. Если нет – старайтесь не помещать туда контент, важный для оптимизации. Почему? Все просто! Такая страница и текст на ней не пройдут так называемый сертификат соответствия полезного контента у поисковой системы и, как следствие, забанится.

Поисковые системы не могут индексировать такие ссылки. Это значит, что до самого контента, размещенного на портале, робот поисковой системы не может добраться а, значит, индексация данной страницы вообще не произойдёт.